Il Pontificio Istituto Biblico (PIB) è un’istituzione universitaria della Santa Sede. Fu fondato dal Papa Pio X con la lettera apostolica  Vinea electa  il 7 maggio 1909 perché fosse «un centro di alti studi della sacra Scrittura nella città di Roma per promuovere il più efficacemente possibile la dottrina biblica e tutti gli studi connessi secondo lo spirito della chiesa cattolica». Fin dalla fondazione esso fu affidato alla Compagnia di Gesù e il Padre L. Fonck ne fu l’organizzatore e il primo rettore.

Inizialmente il PIB preparava gli studenti a sostenere gli esami presso la Pontificia Commissione Biblica. Con la lettera apostolica Cum Biblia sacra (15/08/1916) Benedetto XV l’autorizzò a conferire il grado accademico di Licenza a nome della Commissione Biblica. Il Motu proprio Quod maxime (30/09/1928) di Pio XI accordò al PIB l’indipendenza accademica dalla Pontificia Commissione Biblica permettendogli anche di conferire il grado di dottorato. Con questo stesso documento il PIB venne consociato alla  Pontificia Università Gregoriana  e al  Pontificio Istituto Orientale . Queste tre istituzioni hanno lo stesso Vice-Gran Cancelliere (il Preposito Generale della Compagnia di Gesù), ma sono rette da propri Statuti. Inoltre il PIB, in quanto fondato dallo stesso sommo pontefice Pio X, gode di una propria autonomia e dipende immediatamente dalla Santa Sede. Gran Cancelliere dell’Istituto è il Prefetto della Congregazione per l'Educazione Cattolica.

Il 7 agosto 1932 fu eretta la Facoltà degli Studi dell’Oriente Antico (Facoltà Orientalistica), con gli stessi privileges accademici già accordati alla Facoltà Biblica di conferire i gradi di Licenza e Dottorato.

Essendo un Istituto della Santa Sede, il PIB ha un carattere prettamente internazionale; attualmente i suoi studenti provengono infatti da circa sessanta nazioni.

La vita dell’Istituto è regolata dagli Statuti (con annesse «Ordinazioni»). I primi Statuti (del 07.03.1934) erano stati redatti alla luce della Costituzione Apostolica Deus Scientiarum Dominus. Essi erano stati poi riformati nel 1972 (data di approvazione 11 settembre) per rispondere alle mutate esigenze dei tempi e per ottemperare al mandato del Concilio Vaticano II.

Dopo la promulgazione della Costituzione Apostolica  Sapientia christiana  di S.S. Giovanni Paolo II (15.04.1979), fu intrapresa una nuova revisione degli Statuti e, il 24.09.1981, la Congregazione per l’Educazione Cattolica approvò il nuovo testo.

L’8 dicembre 2017, S.S. Papa Francesco ha promulgato la Cost. Ap.  Veritatis Gaudium , che obbliga le Università e Facoltà ecclesiastiche a rivedere i propri Statuti. Per l’occasione, l’Istituto ha fatto non solo la necessaria revisione, ma anche la versione ufficiale in lingua italiana. In data 5 maggio 2020 la Congregazione per l’Educazione Cattolica ha approvato il testo ad experimentum per cinque anni.

Col chirografo del 17 dicembre 2019, papa Francesco decretò che il Pontificio Istituto Biblico e il Pontificio Istituto Orientale, pur conservando i propri nomi e le proprie missioni, fossero congiunti alla Pontificia Università Gregoriana in modo da far parte della stessa persona giuridica.I nuovi statuti della Pontificia Università Gregoriana con l'incorporazione dei due istituti pontifici sono stati ratificati e approvati dal Dicastero per la cultura e l'educazione l'11 febbraio 2024, mentre il 19 maggio 2024 sono entrati in vigore. Dal 19 maggio 2024, dunque, il Pontificio Istituto Biblico non ha un proprio rettore, essendo governato dall'unico rettore della Pontificia Università Gregoriana, bensì è represented da un presidente